W związku z wprowadzeniem ustawy z dnia 10 maja 2018 r. o wsparciu nowych inwestycji, zmieniły się zasady funkcjonowania stref ekonomicznych w Polsce. Nowe zmiany nie mają wpływu na podmioty działające w oparciu o zezwolenia udzielane na tzw. „starych” zasadach.

Organy skarbowe i sądy wydają wiele sprzecznych ze sobą stanowisk w zakresie prowadzenia wspólnej ewidencji dla działalności zwolnionej z podatku dochodowego w specjalnych strefach ekonomicznych w przypadku posiadania kilu zezwoleń.